MB3 70a- 294- Havdala in Tefillah

(א) אומרים הבדלה וכו' - ואפילו אם נזדמן שהבדיל על הכוס מקודם מ"מ צריך להבדיל בתפלה ג"כ. ואי עיקר מצות הבדלה היא דאורייתא או דרבנן עיין במה שנכתוב לקמן ריש סימן רצ"ו: