MB3 70b- 295-2961- Havdala in Shul, order of the procedure

(א) אומרים הבדלה וכו' - ואפילו אם נזדמן שהבדיל על הכוס מקודם מ"מ צריך להבדיל בתפלה ג"כ. ואי עיקר מצות הבדלה היא דאורייתא או דרבנן עיין במה שנכתוב לקמן ריש סימן רצ"ו: